A su llegada a Canadá en 1841, los Oblatos trabajaron antes que nada en la diócesis de Montreal. Sin embargo, el Obispo de Mazenod y el Padre Honorat tenían inquietud por establecerse en la diócesis de Quebec, rica en vocaciones. El Obispo Ignacio Bourget de Montreal les recomendó esperar la solicitud del Arzobispo José Signay de Quebec, quien de hecho en 1844 acudió a los Oblatos para reemplazar a dos de sus sacerdotes misioneros que tenían problemas de salud y trabajaban con los amerindios. En verano, el Padre Médard Bourassa acompañó al sacerdote diocesano, Étienne Payment en una visita de dos meses a los Amerindios a lo largo del río Saint-Maurice, mientras que el Padre Pedro Fisette acompañaba al Padre Armando Boucher en su visita de tres meses con los indios de la ribera norte del río Saint Lawrence, al este de Quebec.

Posteriormente el Arzobispo Signay sugirió un establecimiento en Saint-Alexis, cerca de Grande-Baie, en Saguenay, con el propósito de trabajar con los indios del lugar y de la ribera norte. El 15 de octubre de 1844, el Padre Juan Bautista Honorat y tres Padres canadienses, Médard Bourassa, Pedro Fisette y Flavián Durocher reemplazaron al Padre diocesano Carlos Pouliot. Encontraron en Saint-Alexis una humilde capilla y un presbiterio aún en construcción. La región de Saguenay contaba entonces con 3,000 habitantes, en su mayoría leñadores empleados por el Sr. Guillermo Price (1789-1867), inglés llegado a Canadá, quien tenía el monopolio de la industria maderera en Saguenay.

Por largo tiempo la Compañía Hudson Bay tuvo el monopolio de comercio de pieles en todo el norte de Canadá y en 1837-1838, había cedido a un grupo canadiense, la Compañía  Twenty-One, el derecho de talar 60,000 pinos en su dominio. Después de talar los árboles y sin autorización, Twenty-One cultivó el terreno que había quedado limpio. En 1842 esa empresa tenía una fuerte deuda, decidiendo vender sus derechos y nueve molinos al Sr. Price, quien ya compraba su madera, que a su vez vendía a Inglaterra, llevándolo a ser el amo del empleo, salarios y precios en la región. Ese mismo año, el gobierno renegoció el trato con la Compañía Hudson Bay, especificando que limpiarían el terreno para ser vendido a los colonizadores. Así, toda la tierra en la ribera del Saint Lawrence fue ocupada, abriendo la región de Saguenay y su fértil tierra a la agricultura.

Apostolado de los Oblatos en Saguenay
Diez Oblatos estuvieron por algún tiempo en Saint-Alexis entre 1844 y 1853: Juan Bautista Honorat de 1844-1853; Flavián Durocher de 1844-1853; Médard Bourassa y Pedro Fisette de 1844-1846; Andrés Mario Garin de 1845-1853; Eusebio Durocher de 1846-1848; Carlos Arnaud de 1849-1852; Eugenio Cauvin de 1849-1853; Horacio Pinet de 1849-1853 y Luis Babel de 1851 a 1853.

La mayoría de ellos pasaban los meses del verano visitando las aldeas indias. Algunos también lo hacían en invierno para aprender la lengua Montagnais, mientras otros visitaban a los leñadores en sus campos.

El Padre Honorat a menudo se quedaba con los colonizadores de Saint-Alexis, Saint-Alphonse, Chicoutimi, Grand-Brûlé y otros centros que se estaban formando, donde esperaba construir capillas (ver el mapa de Saguenay). Al visitar la región en 1845 notó de inmediato que la gente era esclava del Sr. Price y sus co-operadores, por lo que resumió sus impresiones en 25 notas dirigidas a las autoridades. Informó de la situación al Padre Bruno Guigues, su superior religioso, a los obispos de Quebec, a las autoridades civiles y a los periódicos, pero todos guardaron silencio, pues se beneficiaban del arreglo existente. Señaló varias injusticias: jornadas de 12 horas, sueldos raquíticos a los leñadores, quienes recibían cupones como pago, que solo podían ser canjeados en las tiendas del Sr. Price; desperdicio de los bosques, apropiación de terrenos, precios exorbitantes que debían pagar los colonizadores para construir sus casas, etc.

Las intervenciones del Padre Honorat llegaron de inmediato a oídos del Sr. Price y de sus lugartenientes, en especial de Marco Simard en el área de Grande-Baie y de Pedro McLeod en Chicoutimi, creando dificultades al Padre Honorat, que buscaba comprar terrenos para construir capillas. En Chicoutimi se reunían frecuentemente varios colonizadores. En 1845 McLeod se opuso a la construcción de una capilla. El Obispo Turgeon, coadjutor en Quebec y el Sr. Price debieron intervenir y McLeod finalmente accedió a permitir la capilla, con la condición de que el sacerdote a cargo no fuera Oblato. El Padre Honorat deseaba establecer a la Congregación en Chicoutimi, que era el centro más importante de Saint-Alexis y el más cercano a los indios, pero desistió de la idea. Quedó a cargo el Padre Juan Bautista Gagnon, sacerdote diocesano.

En 1846 el Padre Honorat decidió crear una colonia libre en Grand-Baie. En 1841 un incendio había devastado grandes áreas en una meseta a lo largo del río Moulin, cercano a Chicoutimi. Se había limpiado la tierra y era fértil. Deseaba construir una capilla y había elegido el lugar. Al comenzar la obra, Marco Simard intervino para impedirlo, diciendo que la tierra le pertenecía como primer habitante. En 1847 se presentó el caso ante la corte. El Padre Honorat fue encontrado culpable y debió pagar los gastos. Después de ello,  adquirió terreno para los Oblatos y se estableció en Grand-Brûlé, abriendo algunos molinos; de inmediato se establecieron cerca de cincuenta colonizadores, a quienes el Padre Honorat prestó dinero, esperando recuperarlo de los ingresos de los molinos y las tierras.

Partida del Padre Honorat
Su actividad en el campo social acarreó al Padre Honorat algunos enemigos. El Arzobispo de Quebec recibió quejas. Incluso el Padre Gagnon, a quien el Padre  Honorat consideraba su amigo, habló en su contra en una visita a Quebec. Ya en 1845 el Arzobispo Signay había solicitado al Padre Guigues retirar al Padre Honorat, quien gustoso habría partido pues deseaba vivir en comunidad, pero el Padre Guigues se rehusó.

En 1849 el Arzobispo Turgeon hizo presión al ahora Obispo Guigues de Bytown, para retirar al Padre Honorat de Saguenay. No era recomendable desagradar al Sr. Price, además de que un rumor calumnioso decía que el Padre Honorat había perdido la confianza de la gente, que no quería ir a confesión con él. En verano el Obispo Guigues le solicitó salir de  Saguenay, a lo que obedeció de inmediato. El Padre Honorat explicó su situación en una carta al Obispo de Mazenod, el 21 de octubre de 1849: “Al hacer todo lo posible para acercarme a quienes era su deber y por los medios que el mismo obispo me había indicado, traté de defender a los débiles de los poderosos y antes de lograrlo, la envidia de quienes habrían deseado se dijera lo mismo de ellos, intervino en mi contra en diversas formas; la timidez de quienes teniendo autoridad temieron ofender a dichos envidiosos, consideraron que debían separarme y arriesgar el resultado para los pobres… Ciertamente logré el bien por los débiles, pues en los últimos tres años se establecieron con ventajas no encontradas en ningún otro lugar. Se formó una parroquia de gente libre y su trabajo es solo para ellos, en la mejor tierra del país”.

El Padre Flavián Durocher fue superior en Saint-Alexis de 1849 a 1853, continuando el apostolado del Padre Honorat con los fieles de Saint-Alexis y área circunvecina, abriendo algunas escuelas. Horacio Pinet, quien aún era escolástico, pasó algún tiempo en Saint-Alexis para arreglar los asuntos financieros de la misión. Los Oblatos debían al Sr. Price $12,360 francos. En una carta del 30 de agosto de 1862, el Padre Durocher informa al Arzobispo de Quebec: “Una forma sencilla de salir de la vergüenza es cederle nuestra propiedad. No deseábamos negociar con lo que consideramos sería un infortunio para la parroquia de Laterrière (Grand-Brûlé).” En 1854 el terreno y molinos de la Congregación en Grand-Brûlé fueron vendidos al Sr. Julio Gauthier por una pequeña suma. Los Oblatos habían dejado Saguenay el año anterior para establecerse en Quebec, desde donde sería más fácil visitar por barco a los indios en la ribera norte, en Saguenay y Lac-Saint-Jean.

Yvon Beaudoin, o.m.i.